|
|
使用するプライマーについて
本キットで使用するそれぞれのプライマーの塩基配列は次の通りである。
核DNA(nuclearDNA) のチロシナーゼ遺伝子領域プライマー
Tyr_F 配列（5'-3'）: TTTGTCTGCCGTTCTGCTGCAG
Tyr_R 配列（5'-3'）: GGCGTTACGTCCACCCATC
ミトコンドリアDNA(mtDNA) のシトクロムb遺伝子領域プライマー
Cytb_F 配列（5'-3'）: AGGACCTGTGGCTTGAAAAACCAC
Cytb_R 配列（5'-3'）: TYCGACYYCCGRWTTACAAGACCG
Y = C or T, R = A or G, W = A or T
これらを用いて、PCR法によって、DNAの一部を増幅する。
使用する制限酵素の認識配列
核DNAのPCR産物HT，KT，XT には制限酵素EcoRVを作用させ、ミトコンドリアDNAのPCR産物HC，KC，XCには制限酵素BglⅡを作用させる。EcoRVとをBglⅡの認識塩基配列と由来となる細菌名は、下表の通りである。
| 酵素名 |
切断前 |
切断後 |
由来 |
| EcoRV |
5'---GATATC---3'
3'---CTATAG---5' |
5'---GAT ATC---3'
3'---CTA TAG---5' |
大腸菌
Escherichia coli |
| BglⅡ |
5'---AGATCT---3'
3'---TCTAGA---5' |
5'--- A GATCT---3'
3'--- TCTAG A---5' |
Bacillus globigii |
増幅した核DNAの塩基配列
PCRで増幅した核遺伝子（チロシナーゼ遺伝子）領域の塩基配列
※下線の領域はプライマー配列，赤はEcoRV認識サイトを示す．
ミナミメダカ 766bp
TTTGTCTGCC GTTCTGCTGC AGTTCTTTGA GACTTGTTGG AGCCAGTTTC CTCGCCCCTG TGCCAATTCA GAGGGACTGC GAACCAAGGA
GTGCTGTCCA GTGTGGAGTG GAGATGGCTC ACCCTGTGGG GCCCTGTCTG GTCGCGGGTT CTGTGCAGAC
GTCTCGGTTT CAGACGAGCC CAACGGGCCG CAGTACCCTC ACAGCGGGAT CGATGACAGG GAGCGCTGGC
CTTTAGCTTT CTTCAACCGG ACGTGTCGTT GTGCAGGAAA CTATGGAGGG TTTAACTGTG GGGAATGCAG
ATTCGGTTAC TGGGGCTCCA ACTGTGCTGA GTACAGAGAG TCAGTGCGCA GGAACATCAT GAGCATGTCA
ACTACTGAGC AGCAAAAGTT CATCTCTTAT CTAAACCTGG CCAAAAACAC CATCAACCCA GACTACGTCA
TCACCACAGG CACAAGAGCA GAGATGGGAG AGAACGGTGA GAGCCCCATG TTCTCTGACA TCAACACCTA
CGACCTATTT GTCTGGATAC ACTACTACGT GTCCAGAGAC ACCTTCTTGG GAGGGCCTGG GAATGTTTGG
AGAGATATCG ATTTTGCCCA CGAGTCTGCT GCATTTCTCC CCTGGCACAG AGTCTACCTG CTTCACTGGG AGCAGGAGAT
ACGCAAAATC GCAGGAGATT TTAACTTTAC CATCCCGTAC TGGGACTGGA GGGATGCCCA GTCCTGTGAA
GTCTGCACTG ATAATCTGAT GGGTGGACGT AACGCC 766bp
キタノメダカ 766bp
TTTGTCTGCC GTTCTGCTGC AGTTCTTTGG GACTTGTTGG AGCCAGTTTC CTCGCCCCTG TGCCAATTCA GAGGGACTGC GAACCAAGGA
ATGCTGTCCA GTGTGGAGTG GAGATGGCTC ACCCTGTGGG GCCCTGTCTG GTCGCGGGTT CTGTGCAGAC
GTCTCGGTTT CAGACGAGCC CAACGGGCCG CAGTACCCTC ACAGCGGGAT CGATGACAGG GAGCGCTGGC
CTTTAGCTTT CTTCAACCGG ACGTGTCGTT GTGCAGGAAA CTACGGAGGG TTTAACTGTG GGGAATGCAG
ATTCGGTTAC TGGGGCTCCA ACTGTGCTGA GTACAGAGAG TCAGTGCGCA GGAACATCAT GAGCATGTCA
ACTACTGAGC AGCAAAAGTT CATCTCTTAT CTAAACCTGG CCAAAAACAC CATCAACCCA GACTACGTCA
TCACCACAGG CACAAGAGCA GAGATGGGAG AGAACGGTGA GAGCCCCATG TTCTCTGACA TCAACACCTA
CGACCTATTT GTCTGGATAC ACTACTACGT GTCCAGAGAC ACCTTCTTGG GAGGGCCTGG GAATGTTTGG
AGAGATATTG ATTTTGCCCA CGAGTCTGCT GCATTTCTCC CCTGGCACAG AGTCTACCTG CTTCACTGGG
AGCAGGAGAT ACGCAAAATC ACAGGAGATT TTAACTTTAC CATCCCGTAC TGGGACTGGA GGGATGCCCA
GTCCTGTGAA GTCTGCACTG ATAATCTGAT GGGTGGACGT AACGCC
増幅したミトコンドリアDNAの塩基配列
PCRで増幅したミトコンドリア遺伝子（シトクロムb）遺伝子領域の塩基配列
※下線の領域はプライマー配列，赤はBglⅡ認識サイトを示す．
ミナミメダカ 1241bp
AGGACCTGTG GCTTGAAAAA CCACCGTTGT ATTCAACTAC AAGAACTTAA TGGCCAACCT TCGAAAAACC CACCCCCTGT TAAAAATTGC
AAACGATGCT CTAGTTGACC TTCCAGCCCC TTCGAACATT TCAGTTTGAT GAAACTTTGG TTCTCTTCTC
GGACTTTGTT TAGCCGCCCA AATCATCACG GGCCTTTTTC TTGCCATACA TTATACATCC GACATCGCCA
CAGCATTCTC ATCAGTTGCA CACATCTGCC GGGATGTTAA CTACGGCTGA CTAATCCGGA ATATACATGC
AAACGGCGCT TCTTTTTTCT TCATCTGCAT TTACCTTCAC ATTGGGCGAG GCTTGTACTA CGGATCCTAC
TTATACAAGG AAACATGAAA TGTCGGTGTA ATTCTTCTTC TACTAGTAAT AATAACGGCT TTCGTAGGTT
ACGTTTTACC CTGAGGACAA ATATCATTTT GAGGAGCCAC TGTAATCACC AACCTCTTGT CTGCCGTCCC
TTACGTTGGC AACGCCCTCG TCCAATGAAT TTGAGGAGGA TTTTCAGTAG ATAACGCCAC ACTTACCCGA
TTCTTTGCCT TCCATTTCCT CCTCCCCTTC GTAATTGCCG CCGCAACAGT TGTTCATCTA ATTTTTCTTC
ACGAAACAGG TTCAAACAAC CCAACCGGCC TCAATTCAGA CCCCGACAAA GTCTCCTTCC ACCCTTACTT
TTCCTATAAA GACCTTTTAG GGTTTGCTGC CTTGCTAGTA GCCTTAATTT CCCTGGCGCT TTTCTCCCCC
AACCTGCTTG GAGACCCAGA CAACTTCACC CCTGCCAACC CGCTAGTTAC TCCCCCTCAC ATCAAGCCTG
AATGATACTT CCTATTTGCC TACGCCATTC TACGATCAAT TCCAAATAAA CTTGGAGGGG TCCTAGCCCT
ATTAGCCTCT ATTCTAGTAC TATTCCTGGT CCCTATCCTA CACACCTCTA AACAACGAAG CCTTACGTTT
CGACCTTTCA CCCAATTCCT TTTCTGACTC CTAGTAGCAG ACGTGATGGT TTTAACCTGA ATTGGCGGAA
TGCCCGTAGA ACACCCATTT ATTATCATTG GTCAAATCGC ATCTTTTCTT TATTTTTCCC TCTTTCTTAT
TATAGCACCA GCGGCGGGAT GACTAGAAAA TAAAGTCTTA AAATGACAAT GCACGAGAAG CTCAATTGTA
AGAGCACCGG TCTTGTAAWY CGGRRGTCGR A
キタノメダカ 1241bp
AGGACCTGTG GCTTGAAAAA CCACTGTTGT ATTCAACTAC AAGAACTTAA TGGCTAACCT TCGAAAAACC CACCCCCTAT TAAAAATTGC
AAACGATGCC CTAGTTGACC TCCCAGCCCC TTCAAACATC TCAGTTTGAT GAAACTTTGG TTCTCTCCTT
GGGCTTTGTT TGGCCGCCCA AATCGTCACA GGCCTATTTC TTGCCATGCA CTATACATCT GATATTGCCA
CAGCATTCTC ATCAGTCGCA CACATCTGCC GGGACGTTAA CTACGGCTGA CTAATCCGTA ATATGCATGC
AAACGGCGCT TCTTTTTTCT TCATCTGTAT CTATTTGCAC ATTGGTCGAG GCTTATACTA TGGTTCCTAC
TTATACAAGG AAACATGAAA CGTTGGTGTT ATTCTTCTTC TGCTTGTAAT AATAACAGCT TTCGTAGGCT
ATGTCCTACC CTGAGGACAA ATATCATTCT GGGGGGCCAC TGTAATTACC AACCTGCTGT CTGCTGTCCC
TTACATTGGC AACGCCCTCG TCCAATGGAT TTGGGGAGGG TTTTCAGTAG ATAATGCCAC ACTCACCCGA
TTCTTTGCCT TCCACTTCCT CCTTCCCTTC GTAATTGCCG CCGCAACAAT CGTCCACTTA ATCTTCCTTC
ACGAAACGGG CTCAAACAAC CCAACCGGCC TCAATTCAGA CTCTGACAAA GTCTCTTTTC ACCCTTACTT
CTCTTATAAA GATCTTTTAG GCTTTGCTGC CTTGCTAGTA GCCTTGATTT CTCTCGCACT ATTCTCCCCC AACCTGCTTG
GAGACCCCGA TAACTTCACC CCTGCTAACC CATTAGTAAC CCCTCCTCAC ATTAAACCCG AATGATATTT
CCTATTTGCT TACGCTATTC TACGATCAAT TCCAAACAAA CTTGGAGGCG TCCTAGCCTT ATTAGCCTCT
ATCCTAGTTC TATTCCTAGT CCCCATCCTA CACACATCCA AACAACGAGG CCTAACATTT CGACCTTTCA
CCCAATTCCT TTTCTGACTC CTAGTAGCAG ACGTAATGGT TTTAACCTGA ATTGGTGGTA TGCCTGTAGA
ACATCCCTTT ATTATCATCG GTCAAATCGC ATCCTTTCTT TATTTCTTCC TCTTTCTTGT TATAGCACCA
GCGGCGGGAT GACTAGAAAA TAAAGTCTTA AAATGACAAT GCACGAGAAG CTCAATTGTT AGAGCGCCGG TCTTGTAAWY CGGRRGTCGR A
ＰＣＲ産物の電気泳動パターン
核DNAのチロシナーゼ領域のPCR産物のサイズは ミナミメダカ、キタノメダカ、F1のいずれも 766p です。ミトコンドリアDNAのシトクロムｂ領域のPCR産物のサイズは
ミナミメダカ、キタノメダカ、F1のいずれも 1241bp です。したがって、これらの電気泳動のバンドパターンは次のようになります。
|
|
msg◎saigot.sakura.ne.jp
メールするときには、お手数ですが◎を＠に変えてお送り下さい。（迷惑メールの排除にご協力下さい。） |
|
Copyright (C) 1997-2022
|
|
